日本には「社会的排除」の前提となる「社会的結合」の概念が存在しなかったため、日本における社会問題に「社会的排除」を結びつけるのは困難である。そこで、「日本型社会的排除」という概念をつくり、日本国内の諸問題に対する分析を行う者も存在する。日本における本来的な意味での「社会的排除」としては、定住外国人（特に不法滞在者）問題が該当する。共通する文化コミュニティによって強固な結びつきを持つ一方で、日本語を解さない者は個々のコミュニティに閉じこもり、社会との隔絶が進行する。特に不法滞在者は社会保障の対象とならず、経済的に困窮した者が犯罪行為を行うなど治安対策上の不安要因となっている。この問題については、不法滞在者であっても社会の一員として認めるのか、厳正に犯罪者として排除するのかという議論があり、明確な解答は得られていない。
日本において社会的排除は欧州とは全く異なった定義づけがされ、「個人が苦境に陥っているのは本人に原因があるのではなく、社会が原因である」という論拠として用いられることが多い。
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その定義は概ね、特定の「社会的弱者」を包括的に「被社会的排除者」と規定し、その救済は社会の義務であるとするものであり、公的支援要求のポリティカルコレクトネスとして用いられることが多い。
対象とする「社会的弱者」は主張する者によって異なり、障害者であったり、経済的困窮者だったり様々である。欧州の社会的排除と差異としては、欧州での社会的排除対策が「社会参加の障害となる要素を除去」しようとするのに対し、日本では「社会参加できるように個人を援助をする」ことに主眼がある点である。 これは「社会的結合」の意識の有無による所が大きい。